急性ITP的发病机制尚未阐明可能是由于病毒抗原吸附于血小板表面，使血小板成分的抗原性发生改变，并与由此产生的相应抗体结合，导致血小板破坏，血小板寿命缩短。严重者血小板寿命仅数小时急性ITP患者血小板表面相关的免疫球蛋白(PAIg)常增高这种增高多呈一过性当血小板数开始回升时，PAIg迅速下降。另外病毒可直接损伤血小板使血小板破坏增加。
ITP患者的组织相容性抗原的研究表明ITP尤其好发于伴有DR抗原者，
HLADR4(LB4)则与治疗反应密切相关。这些患者对肾上腺皮质激素疗效欠佳而对脾脏切除有较好的疗效。有些学者认为，ITP是某些免疫功能异常的表现在系统性红斑狼疮(SLE)血小板减少相当普遍，7%～26%患者并发ITP与这相反＜2%的ITP患者最终将发展演变为SLE这些患者ACL(抗心磷脂抗体)测定往往阳性
慢性ITP的发病机制也尚未完全阐明。近40多年来，对ITP血小板相关抗体的研究证实了本病是一组与免疫有关的疾病。
1975年Dixon首次用定量方法检测了血小板表面的免疫球蛋白称为血小板相关抗体(PAIg)。现已证实，80%～90%的ITP患者PAIg值明显高于正常对照及非免疫性血小板减少性紫癜患者。PAIg的增高值与血小板数量及血小板寿命呈负相关。PAIg有PAIgGPAIgM、PAIgA 3种类型ITP患者以PAIgG增高为多见可达正常的10～20倍以上PAIg增高的原因尚不清楚可能为非特异性的现象。目前已发现有些与血清PAIg增高的有关疾病如肝硬化因而认为PAIg并不是ITP的特异性相关抗体业已证实ITP患者的补体3和4(C3C4，也可与血小板表面的IgG结合，使血小板相关C3和C4(PAC3PAC4)增高。
抗血小板抗体产生的部位主要在脾脏。ITP患者脾脏组织中的IgG量比正常对照高5～55倍。骨髓中也可以检出血小板特异性IgG其他淋巴组织也可产生少量IgG最近研究证实在ITP患者中NK细胞的数目正常，但其活性却存在着缺陷这种缺陷与ITP患者T细胞免疫调节功能的异常一起导致了B细胞分泌抗体从而引起血小板的破坏
目前认为破坏ITP血小板的主要器官在脾脏、肝脏和骨髓，其中脾脏破坏血小板的作用最为重要血小板相关抗原抗体特异性结合，使血小板阻留在脾脏加速破坏。在脾脏切除后，骨髓即成为主要破坏血小板的场所血液中抗体滴度较低时，ITP血小板很少在肝内破坏。若抗体的滴度高血小板表面附有C3b碎片则血小板可在肝内破坏ITP患者血小板相关抗体的Fab片段与相关抗原结合后，抗体IgG分子的Fc片段暴露，与巨噬细胞的Fc受体结合，抗体与抗原结合过程中激活了补体导致C3的裂解物C3b附着在血小板表面，附有C3b的血小板可与肝脏中巨噬细胞的C3b受体结合从而引起附有IgG的血小板被吞噬和破坏，严重者可在短时间内发生血小板显著减少
由于慢性ITP多见于女性，而且在青春期后绝经期易发病，妊娠期有时复发提示雌激素在本病发生中可能起一定作用对小鼠的研究发现雌激素可明显刺激单核巨噬细胞系统的吞噬能力。
综上所述本病的发生主要是由于患者血清中存在着免疫性抗体，使血小板存活期缩短，血小板破坏增加，血小板减少。在少数患者巨核细胞也可能受到抗体的影响而发生量和质的改变。

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